Tuy thẩm phán Anh Geoffrey Lawrence là người được chọn làm Chánh án, quan tòa nổi bật nhất có lẽ là vị thẩm phán người Mỹ, Francis Biddle.[57] Trước đó, Biddle từng làm Bộ trưởng Tư pháp Hoa Kỳ nhưng được Truman yêu cầu từ chức đầu năm 1945.[58]

Một số người cho rằng Truman đã chọn Biddle làm thẩm phán Mỹ chính cho phiên tòa nhằm xin lỗi cho việc yêu cầu ông từ chức.[58] Trớ trêu thay, Biddle trong lúc còn là Bộ trưởng được đã phản đối ý định xét xử các lãnh đạo Đức Quốc Xã về những tội ác gây ra trước chiến tranh và đã gửi đi một bản ghi nhớ về vấn đề này ngày 5 tháng 1 năm 1945.[59] Bản ghi nhớ cũng nói rõ ý kiến của Biddle rằng thay vì kế hoạch ban đầu xét xử toàn bộ tổ chức, cần phải có nhiều phiên tòa hơn dành cho từng bị cáo cụ thể.[59]

Biddle sớm đổi ý, và chấp thuận kế hoạch đã chỉnh sửa vào ngày 21 tháng 1 năm 1945, có lẽ vì hạn chế trong thời gian do phiên tòa sẽ là một trong những vấn đề chính tại hội nghị Yalta.[60] Tại phiên tòa, tòa án Nürnberg quy định rằng bất kì thành viên nào của tổ chức bị kết tội ác chiến tranh, ví dụ như SS hay Gestapo, và tham gia sau năm 1939 sẽ được coi là tội phạm chiến tranh.[61] Biddle thuyết phục được các thẩm phán khác miễn trừ những ai được chọn hoặc không biết về những tội ác mà các tổ chức này gây ra.[58]

Công tố viên Robert H. Jackson không chỉ đóng một vai trò quan trọng trong phiên tòa, mà cũng trong việc hình thành Tòa án Quân sự Quốc tế. Ông dẫn đầu phái đoàn Mỹ đến Luân Đôn vào mùa hè năm 1945, ủng hộ kế hoạch xét xử lãnh đạo Đức Quốc Xã như là âm mưu tội phạm.[62] Theo Airey Neave, Jackson cũng là người đằng sau quyết định bao gồm tất cả thành viên của bất kỳ tổ chức nào trong sáu tổ chức tội phạm có trong bản cáo trạng, tuy nhiên bị IMT bác bỏ vì điều này chưa từng có tiền lệ ngay cả trong luật quốc tế hay luật pháp của bất kỳ nước Đồng Minh nào.[63] Jackson cũng cố gắng xét xử Alfried Krupp thay vì cha ông, Gustav, và thậm chí đề nghị Alfried tự nguyện được xét xử thay cho cha mình.[64] Cả hai kiến nghị đều bị bác bỏ bởi IMT, cụ thể là Lawrence và Biddle, và một số nguồn tin cho rằng điều này khiến Jackson không được Biddle coi trọng.[64]

Thomas Dodd là công tố viên cho Hoa Kỳ. Một lượng lớn bằng chứng được sử dụng để chứng minh các cáo trạng, đặc biệt với những ghi chép đầy đủ các hành động của Đức Quốc Xã vẫn được lưu giữ. Các công tố viên có những hồ sơ được ký bởi Đảng viên Quốc Xã cho mọi thứ, từ văn phòng phẩm cho đến hơi Zyklon B, được dùng để giết tù nhân của các trại hành quyết. Thomas Dodd chiếu một loạt các bức hình cho tòa án sau khi đọc qua các văn bản về tội ác của những bị cáo trong chiến tranh. Các bức hình được thu thập ghi những tù nhân được giải phóng khỏi trại tập trung.[65]

Henry F. Gerecke (de), một mục sư Luther, và Sixtus O'Connor, một linh mục Công giáo, được đưa đến để trông coi các bị cáo.[66] Hình ảnh của tòa án được chụp bởi một nhóm các nhiếp ảnh gia ảnh tĩnh của Lục quân Mỹ, dưới sự chỉ đạo của nhiếp ảnh gia chính Ray D'Addario.[67]